El programa de Posgrado en Microbiología Agrícola inicio en Agosto del 2001 como consecuencia del fortalecimiento del Sector de Microbiología del Departamento de Biología de la UFLA y de sus innumerables alianzas. Siguiendo la tradición de la UFLA como un centro de excelencia en Ciencias Agrarias, el sector propuso crear el programa con el objetivo de desarrollar trabajos de investigación inclinados a la agropecuaria, agroindustria y medio ambiente. Además del desarrollo de investigación básica en el área de microbiología, el programa tiene como objetivo el desarrollo tecnológico y solución de problemas relacionados a microbiología agrícola. En este aspecto, el contacto con los productores, empresas y comunidades en general ha sido de fundamental importancia para la identificación de problemas y establecimiento de proyectos de investigación. También, el programa se mantiene abierto a problemas del ámbito nacional, debido a que considera que su acción no puede ser limitada solamente a un contexto regional, mas debe tener también una participación nacional en la búsqueda de desarrollo tecnológico agrícola y agroindustrial con un profundo respeto por preservar el medio ambiente.