O Programa de Pós-Graduação em Agronomia/Fitopatologia oferece desde 1997 os cursos de mestrado e doutorado. Este existiu anteriormente, de 1987 a 1996, como curso de Mestrado em Fitossanidade. Desde sua criação, foram titulados 234 mestres, sendo 61 em Fitossanidade e 173 em Fitopatologia e 86 doutores em Fitopatologia até maio de 2013. Baseando-se nesta experiência, o curso cumpre cada vez melhor seu papel de formação de profissionais especializados para atuar na área de Fitopatologia, atendendo às exigências de uma agricultura moderna, sustentável e preocupada com o meio-ambiente.

O Programa de Pós-Graduação em Agronomia/Fitopatologia, com conceito 5 na CAPES, é composto por uma equipe de 12 docentes do Departamento de Fitopatologia, todos com título de Doutor, 2 professores colaboradores, além de docentes de outros departamentos e instituições credenciados ao curso, abrangendo assim todas as principais áreas da Fitopatologia.

A moderna infraestrutura é composta pelos Laboratórios de Bacteriologia, Diagnose, Controle Biológico e Controle de Enfermidades de Plantas, Epidemiologia e Manejo de Doenças de Plantas, Fisiologia do Parasitismo, Nematologia, Patologia de Sementes, Patologia Florestal, Sistemática e Ecologia de Fungos, Microscopia Eletrônica e Análise Ultraestrutural, Fitovirologia Molecular e Virologia Vegetal. Além de amplas casas de vegetação e campos experimentais, fazem parte das instalações ainda a Clínica Fitossanitária e o Centro de Indexação de Vírus da Batata do Estado de Minas Gerais.

Os referidos laboratórios dão suporte aos projetos de pesquisa e extensão desenvolvidos pelos alunos e professores do Departamento. A equipe cumpre um papel importante na extensão e divulgação de conhecimentos através de análises de doenças em material vegetal enviado e testes de produtos com potencial de uso para a defesa fitossanitária.