O Programa de Pós-Graduação Stricto Sensu em Agroquímica(PPGAQ) teve início em março/1998 com Mestrado. Com a implantação do programa o Departamento de Química foi contemplado com expansão no quadro dos docentes, abertura de novas linhas de pesquisa e novos laboratórios. O desenvolvimento do departamento resultou na implantação, em 2006, do curso de Doutorado, cujas ações resultaram na elaboração e execução de projetos de pesquisa financiados por diversas agências de fomento como CAPES, CNPq e FAPEMIG, formação acadêmica,consolidação das normas e diretrizes gerais do programa, melhoria dos recursos computacionais e melhorias na infraestrutura que permitiram maior aprofundamento científico dos temas e projetos de pesquisa e uma integração cada vez maior com os discentes de graduação.

A evolução do programa nos últimos anos contemplou ampliação de espaço físico laboratorial (aproximadamente 1500 m² atuais) além da aquisição de equipamentos (ex: cromatograma em fase gasosa e líquida, GC/MS, espectrômetro de massas, espectrômetro de absorção atômica, entre outros) de suma importância para o desenvolvimento das pesquisas.

O Departamento conta com 32 professores, dos quais 17são orientadores(13 docentes permanentes; 4 colaboradores; 9 bolsistas de produtividade em pesquisa) no programa de pós-graduação em Agroquímica cujas pesquisas que desenvolvem estão distribuídasnas linhas, Química Ambiental; Química Computacional;Bioquímica, Tecnologia de Cachaça e Produtos Naturais e Sintéticos.

Os docentes do Departamento de Química ministram aulas para 15 cursos diferentes de graduação, ampliando assim o público alvo para ingresso como discente da pós-graduação em Agroquímica. Neste contexto, o programa assume um perfil científico interdisciplinar recebendo não apenas químicos, mas também engenheiros, biólogos, farmacêuticos, agrônomos, nutricionistas, dentre outros.

O programa apresenta CONCEITO 6 desde 2013, sendo considerado um dos programas de excelência da CAPES, na área de Ciências Agrárias.

O objetivo geral do PPGAQ é a formação de mestres e doutores, enfatizando a relação entre a química e as ciências agrárias.  O estudante do programa desenvolverá pesquisa visando equacionar problemas ambientais, da produtividade, do melhoramento e do controle de qualidade de produtos agropecuários ou de extrativismo, englobando as interfaces destes com áreas químicas, ambientais, alimentícias, farmacêuticas, cosméticas, entre outras.

Parcerias nacionais e internacionais com renomadas instituições de ensino e pesquisa têm contribuído para o crescimento do programa, ampliando a divulgação científica por meio de publicações em periódicos indexados, assim como permitindo que docentes e discentes da Agroquímica vivenciem a pesquisa em diferentes ambientes laboratoriais.