El Programa de Pos-Graduación Stricto Sensu en Agroquímica (PPGAQ) tuvo inicio en marzo/1998 con la Maestría. Con la implementación del programa el Departamento de Química fue contemplado con la expansión en el cuadro de los docentes, abertura de nuevas líneas de investigación y nuevos laboratorios. El desarrollo del departamento resulto en la implantación, en 2006, del curso de Doctorado, cuyas acciones resultaron en la elaboración y ejecución de proyectos de investigación financiados por diversas agencias de fomento como CAPES, CNPq y FAPEMIG, formación académica, consolidación de las normas y directrices generales del programa, mejoría de los recursos computacionales y mejorías en la infraestructura que permitieron mayor profundidad científica de los temas y proyectos de investigación y una integración cada vez mayor con los estudiantes de pregrado. La evolución del programa en los últimos años contemplo la ampliación de espacio físico de los laboratorios (aproximadamente 1500 m2 actuales) además de la adquisición de equipamientos (ej: cromatograma en fase gaseosa y líquida, GC/MS, espectrómetro de masas, espectrómetro de absorción atómica, entre otros) de suma importancia para el desarrollo de las investigaciones. El Departamento cuenta con 32 profesores, de los cuales 17 son orientadores (13 docentes permanentes; 4 colaboradores; 9 becarios de productividad en investigación) en el programa de pos-graduación en Agroquímica cuyas investigaciones que desarrollan están distribuidas en las líneas, Química Ambiental; Química Computacional; Bioquímica, Tecnología de Cachaça y Productos Naturales y Sintéticos. Los docentes del Departamento de Química ministran clases para 15 cursos diferentes de pregrado, ampliando así el público objetivo para ingreso como estudiantes de la pos-graduación en Agroquímica. En este contexto, el programa asume un perfil científico interdisciplinar recibiendo no solo a químicos, sino también ingenieros, biólogos, farmacéuticos, agrónomos, nutricionistas, entre otros. El programa presenta CONCEPTO 6 desde 2013, siendo considerado uno de los programas de exceléncia de la CAPES, en el área de Ciencias Agrarias. El objetivo general del PPGAQ es la formación de magísteres y doctores, enfatizando la relación entre la química y las ciencias agrarias. El estudiante del programa desarrollara investigación visionando equiparar problemas ambientales, de la productividad, del mejoramiento y del control de calidad de productos agropecuarios o de extractivo, englobando las interfaces de estos con áreas químicas, ambientales, alimenticias, farmacéuticas, cosméticas, entre otras. Convenios nacionales e internacionales con renombradas instituciones de enseñanza e investigación han contribuido para el crecimiento del programa, ampliando la divulgación científica por medio de publicaciones en periódicos indexados, así como permitiendo que docentes y estudiantes de la Agroquímica vivencien la investigación en diferentes ambientes de laboratorio.